用中草药代替抗生素来防治疾病，不易产生抗药性和毒副作用，也不会污染水环境。而且，中草药对水产动物具有调节机体平衡与生理功能、提高机体特异性和非特异性免疫力、提高消化吸收、增强体质、促进生长的作用，此外还具有抗菌、抑制病毒等方面的作用。因此，在虾蟹人工育苗过程中，应提倡使用中草药来防治疾病。
鱼虾类育苗中的致病因素
一是育苗池水环境不良。鱼虾类育苗是在人工控制的条件下进行的，由于幼体培育密度较高，投饵量较大，其残饵和代谢废物的累积易使池水环境变差（如pH值降低，氨氮及硫化氢含量上升），病原微生物滋生，引起幼体致病。在育苗过程中使用中草药防病，一方面可以调节幼体的代谢平衡，避免产生机能障碍；另一方面，中草药中的一些有效成分可以通过生物的、化学的、物理的作用，影响育苗池水环境，使其向着有利于幼体生长、发育的方向转化，而起到防病的作用。
二是幼体的饵料营养不良。在虾蟹育苗过程中，由于生物饵料（单胞藻、轮虫、卤虫等）的不足或是为了节省饵料成本，而较多地使用人工饵料（如鸡蛋黄、豆浆、蓝藻粉等），常常造成幼体消化吸收不良，营养不全，使幼体体质下降，对病原菌的抵抗力减弱，而容易患病。中草药的调整作用具有调节幼体的生理功能，通过增强幼体对饵料的消化吸收，改良其代谢机能，从而对部分营养失调的饵料可起到一定的平衡作用，防止疾病发生。此外，有些中草药还具有明显的诱食性。
三是有害微生物。虽然在鱼虾类育苗过程中对育苗用水进行了选择、沉淀、砂滤、消毒处理，但细菌、真菌、病毒等有害微生物不可能完全被杀灭，随着育苗的进行，它们会滋生、发展、侵害幼体。
鱼虾类育苗中常用中草药及有效成分与作用中草药的化学成分极为复杂，一种中草药往往含有多种化学成分，但不是所有的成分都能起到防治疾病的作用，能防治疾病有有效成分主要包括多糖、生物碱、甙类、挥发油、鞣质等。
大蒜大蒜具有广谱的抗菌作用，对病毒和原虫等都有杀灭作用，属高效抗菌杀虫中草药。在用作杀菌剂时，应新鲜制备，立即使用。
黄连其有效成分为小檗碱（即黄连素）。黄连具有广谱抗菌作用，能抑制多种革兰氏阳性和阴性细菌的生长，对多种真菌有抑制作用，对一些病毒、原虫等也有效。另外，小檗碱还具有增强动物吞噬细胞吞噬能力的作用。
黄芩黄芩甙元是其主要有效成分。黄芩具有较广的抗菌谱，对革兰氏阴性和阳性球菌均有抑制作用，对一些病毒和多种真菌也有一定效果。
大黄大黄含有大黄素、大黄酸、芦荟大黄素等葸醌类衍生物，具有抗菌、抗真菌、抗病毒的作用，对屈桡杆菌有明显的抑制作用。此外，还具有收敛、泻下、增加血小板、促进血液凝固的作用。
五倍子五倍子含有鞣质等成分，对革兰氏阳性和阴性均有抑制作用，对真菌（水霉病）具有良好的防治效果，还具有止血、解毒、收敛等作用。
大青叶和板蓝根大青叶是十字花科植物菘蓝和爵床科植物马兰、蓼蓝的叶子，板蓝根就是菘蓝的根。其有效成分为大青素、靛甙等。二者均有广抗菌和抗病毒作用及清热解毒作用。其中板蓝根的抗病毒作用较强。
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