中兽药开发和应用的前提和基础就是中兽药的质量控制。为了控制与提高中兽药的质量，在中兽药生产、保存、供应和使用过程中，我们运用各种有效方法（包括感官经验鉴别、显微鉴别、物理鉴别、化学鉴别、物理化学鉴别、生物学鉴别以及微生物学鉴别等）与越来越先进的仪器设备（由最初的显微镜发展到现在的薄层扫描仪、气湘色谱仪、液相色谱仪、质谱仪等）分析检验。但是由于中草药中应用最广的是植物药，它不同于一般的化学药物，具客观存在的生物变异性。因此，中兽药的分析不同于一般的化学药品制剂分析，直接搬用化学药物的一套质量标准要求是不够科学和合理的，应根据中兽药自身性质特点来考虑其质量分析，笔者认为，主要表现在如下几点。
第一、在进行中兽药质量分析时，首先要进行原植（动）物药的鉴别与检查。
中兽药大多数是由多种中草药所组成的复方药剂。而我国幅员广阔，中药材资源丰富，品种繁多，应用历史悠久，来源复杂，产地广。再由于历代本草记载、地区用语和使用习惯的不同、代用品的不断出现以及外形相似等原因，中草药同名异物，同物异名现象较多，长期以来同一中草药多基源情况较为普遍，使中药材品种十分复杂，这些情况使中草药在使用时造成很大的困难。如商品白头翁有十六种以上的不同植物来源，分属于毛茛科、蔷薇科、石竹科和菊科。《唐本草》记载的正品白头翁为毛茛科植物白头翁的根，含皂甙类成分，临床治疗阿米巴痢疾有效，而属其它科的同名异物则无抑制阿米巴原虫作用。再如大青叶在华东习用十字花科植物松蓝Isatis indigotica Fort的叶，华南和四川地区习用爵床科植物马蓝 Dolygonum tinctorium Ait Strobilanthes cusia(Ness)O,Ktze. 的叶，江西、湖南、贵州、甘肃习用马鞭草科植物大青Clerodendrum cyrtophyllum Turcz.的叶。有的中草药因为生物形态相似，引起误用的情况也时有发生。因此在中兽药的质量分析控制中，首先应对作为原料中草药的单味药进行分析鉴定，弄清来源、品名，互不混淆。由于栽培条件、生长环境、采收加工及贮藏方法等不同，其所含有效成分也有较大的影响。即使原药材品种正确，但不符合药用质量要求时，同样不能使用。如甘草于生长前期采收其有效成分甘草甜素含量为10%，而生长未期含量为3.5%，其有效成分含量相差6.5%。这就要求我们在进行中兽药质量分析时，要进行原植（动）物的真伪鉴别，把好原料药材的质量关，只有当原料中草药达到药用质量标准要求时，方可投料生产。
第二、由于中草药中化学成分复杂多样，导致中兽药分析与检测的复杂性。
由于中草药中化学成分复杂多样，通常有碳水化合物、甙、木脂类、生物碱、挥发油、鞣质、甾体、酚类、酶、氨基酸、蛋白质、维生素、有机酸等。这些化学成分理化性质各异，生物活性及疗效不同，它们在各种中草药中普遍存在，这对提取、分离、检测带来很大的困难。即使某一类化学成分，在同一种中药往往以多种化合物形式存在，如黄连中所含的生物碱有七种以上。各种化学成分在中药中含量相差明显，有的含量达70%以上，有的含量很少，如具有收敛作用的五倍子含鞣质为70%，板蓝根中靛蓝含量约为0.079mg/g，这种情况导致中兽药分析与检测的复杂性。由此要求我们根据中草药中各种化学成分的性质特点，应用多种现代的理化检测技术与方法，如色谱法、光谱法、电化学分析方法、药理及生物测定法、显微定量法等进行分析检测。
第三、对于中兽药的质量分析与评价，仅仅局限于其中的有效成分是不够的，也应对辅助成分、无效成分进行分析研究。
从中草药的化学成分生物活性角度来看，可分为有效成分、辅助成分和无效成分。有效成分主要指中药材中起疗效的物质，这是在进行中兽药质量分析时最重要的部分。然而到目前为止，有些中兽药复方制剂的有效成分分析与检测仍未能找到准确、科学合理的方法。这也是中兽药质量分析中遇到而有待于分析研究解决的问题。辅助成分是指本身没有特殊疗效，而能增加或缓和有效成分的作用，有利于有效成分的浸出或增强制剂稳定性的物质。如九0版《中国兽药典》二部中收载的中兽药复方制剂-驱虫散，槟榔是其的一种主药，而槟榔中的鞣质，可与驱绦虫成分槟榔碱结合而安全通过胃液，至肠道中释放出槟榔碱而达到驱绦虫的功效。如何控制这些辅助成分的含量，而使中兽药与临床疗效相符，这是中兽药分析中值得探讨的问题。所谓无效成分，通常指无疗效甚至有害的物质，如脂肪油、糖类、淀粉、果胶、粘液、树脂和鞣质等（主要指中兽药注射剂而言）。这些成分往往影响浸出效能，以及药剂的有效成分、稳定性、外观等。在制剂过程中应尽量将其分离除去。如鞣质能与小檗碱类化学成分生成难溶性沉淀，影响制剂的稳定性与疗效。由于科学技术的发展，对生药研究的不断深入，过去被视为无效成分的蛋白质、多肽、果胶和多糖，经现代科学证明有较强的生理活性与治疗作用。因些，对于中兽药的质量分析与评价，仅仅局限于其中的有效成分是不够的，也应对辅助成分、无效成分进行分析研究，提高中兽药分析研究的广度与深度。
第四、对于中兽药的质量分析与评价，离不开中医药理论的指导。
中兽药是以中草药为原料，在中医药理论指导下，运用辨证施治的原则，按规定的处方与工艺方法制成的复方制剂。这些单味中草药在处方中有着严格的君、臣、佐、使的位置，不可随意调换，因此，在进行中兽药的质量分析时，要高度重视君药、臣药，尽量找到科学合理的鉴别和检测方法，当然也不能忽视佐药、使药的分析研究，否则，得不到合理和满意的结果。当然有条件对处方中全部单味药进行鉴别和检测则更为理想。因而，要求我们在进行中兽药质量分析时，应对药物方剂学有所了解与掌握，应较准确的进行方解。
第五、对中兽药生产制备工艺的分析与研究，在中兽药分析中也非常重要。
随着现代科学技术的发展，科研水平的不断提高，学科间的相互渗透，促进了中药材生产与科研的发展。就目前国内兽药市场使用的情况来看，除了普遍使用的传统剂型，如散剂（复方禽菌灵散、禽健宝散等）、汤剂等，随着改革开放的深入，畜牧业和现代制药工业的发展，在我国兽药工作者的不断努力下，在中兽药剂型的制备过程中，吸取现代药剂学的知识和技术，通过反复的试验与筛选，中兽药在剂型和制备工艺等方面都有了一定的改进与发展。近年来，推出了一些疗效确切的新剂型，为兽医的临床用药需要提供了多种给药途径，如溶液制剂、酊剂、膏剂、片剂、冲剂、注射剂、缓释剂等等。由于剂型不同，所用的辅料多种多样，这对中兽药的分析增加困难。因此，在进行分析前应了解该中兽药的制备过程，在进行中兽药的鉴别和检测中，应尽可能排除辅料的干扰，减少分析的误差和提高其准确性。如检测某些膏剂或冲剂时，提取液颜色往往较深，难于净化，含还原糖的辅料干扰反应结果等。有些剂型（如注射剂等），由于制备工艺较为复杂，很多在单味原药材中存在的化学成分，在炮制或制备工艺的加热处理过程中，因挥发、分解、成盐反应（沉淀反应）等已降低其含量或不复存在，从而增加了中兽药分析工作的困难。如四黄素口服液在制备过程中，由于加热煎煮，难免会使方剂中所含的大黄葡萄糖甙、小檗碱、黄芩甙等成分发生分解。成盐反应（沉淀反应）往往在中兽药制备过程中发生。如能调和诸药的中草药甘草可与很多种中草药相配伍（如甘草配伍黄连、大黄等），但在中兽药的制备过程中发现有沉淀生成。现经科学证明，这种沉淀是2个分子小檗碱与甘草皂甙的葡萄糖醛酸的2个羧基离子结合状态而成复盐。由此可见，容易被人们忽视的这些分解、沉淀等化学反应，对于中兽药分析非常重要。因此，对中兽药生产制备工艺的分析与研究，在中兽药分析中也非常重要。
鉴于中兽药成分复杂，剂型较多，药材来源复杂，采收季节不同，炮制及生产制备工艺各异，这些导致中兽药分析的复杂性与艰巨性。中兽药分析是一项涉及多方面、多学科的综合性工作，不是某一课程可以单独完成的。因而利用现代的科学技术，应用多方面多学科的知识，采用多种分析方法，并且在中兽药的分析研究中不断地探索、创新、总结与提高，使中兽药的质量分析向定量化、准确化、科学化的方向迈进，使中兽药的分析在方法学上更加符合中医药的传统理论。
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