此技术的简要过程为：首先使支持物羟基化，并利用光敏保护基保护核苷酸的5′羟基，光照射使之脱保护，DNA的合成只发生在脱去保护基的地方，光照的区域即为合成的区域，合成过程可由一系列光刻掩膜或面具(mask)控制。这样，光通过光刻掩膜照射到支持物上，受光部位的羟基解保护，进而与单体分子共价结合，发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。
光引导原位合成技术的主要优点是合成效率高，电阵密度高。可以用很少的步骤合成大量的探针阵列，并且密度可达每平方厘米100万个探针。
缺点是设备昂贵，技术复杂，反应产率低。即，这种制备方法需要预先设计，制造一系列面具，造价较高，且制造过程中采用了光脱保护方法，面具孔径较小时会发生光衍射现象，制约了寡核苷酸密度的提高；同时光脱保护不彻底，每步产率只有92～94％ ，只能合成30nt左右的寡核苷酸。在此基础上，McGall将光引导合成技术与半导体工业所用的光敏抗蚀技术结合，以酸作为脱保护剂，解决了光衍射的难题，提高了芯片的密度，并使产率提高到99% ，但制造工艺复杂程度增加了许多。。
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