2005《中国药典》脏连丸含量测定项下：
色谱条件与系统适用性试验：以十八烷基硅烷键合硅胶为填充剂；以甲醇-2%醋酸溶液（55：45）为流动相；检测波长为280nm。理论板数按黄芩苷峰计算应不低于8000。
供试品溶液的制备：取本品水蜜丸，研细，取0.25g，精密称定，或取小蜜丸或重量差异项下的大蜜丸，剪碎，取0.45g，精密称定，取置具塞锥形瓶中，精密加入甲醇溶液50ml，称定重量，加热回流1小时，放冷，再称定重量，用甲醇补足减失的重量，摇匀，滤过，取续滤液，即得。
文献报道的方法，如：
朱山寅HPLC法测定脏连丸中芍药苷的含量。仪器：Waters 510 / 484 / 745B色谱系统；色谱柱为Kromasil C18 (4.6mm×150mm, 5μm) 分析柱；流动相：乙腈-水(30：70)；流速1.0mL/min；测定波长230nm；柱温室温。样品用甲醇超声处理。
任世禾用RP-HPLC法测定脏连丸中黄连素的含量。仪器：Waters高效液相色谱仪；色谱柱为U-Bondalpak,C18(Radial-PAK 8×10cm)；流动相：乙腈-SDS-丙酸（50：50：1）；流速1.5ml/min；检测波长为345nm。样品用50%乙醇超声处理。
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