又称药理性配伍禁忌，是指处方中某些成分的药理作用存在着显著的拮抗，从而降低了疗效或产生严重的副作用甚至毒性。
相互抵消作用将两种相反的药物配合到一起。例如在一般情况下的泻药、中枢兴奋和中枢抑制药、酸和碱配伍等。
增加药物毒性在利用洋地黄治疗充血性心衰时使用钙制剂或使用促钾离子排出的利尿药，均能增强洋地黄的毒性。
二、物理性配伍禁忌
两种或两种以上的药物配合在一起时，产生分层、沉淀、潮解与液化等物理性状的改变，为物理性配伍禁忌。把两种药物配在同一药液中，有时其中一种药物会有沉淀析出，如12.5%氯霉素注射液（目前已禁止使用）以5%葡萄糖稀释，浓度达0.25%以上时就会析出沉淀。活性炭等有强大表面活性的物质与小剂量抗生素配合，后者会被前者吸附，在消化道内就不能再充分释放出来，从而影响疗效。
三、化学性配伍禁忌
将两种以上的药物配合在一起，产生化学反应，很多药物因此药效降低、消失、甚至产生毒性物质，并常出现沉淀、变色、产气、燃烧等现象，如碳酸氢钠遇稀盐酸则产生二氧化碳；氧化剂与还原剂相遇发生氧化还原反应甚至发生燃烧或爆炸。
因此，在药物联合应用时，应特别注意各种药物的药效，物理、化学配伍禁忌，注射液联合应用时，应注意溶液的PH值，当不了解药物的物理、化学性质而只了解药效时，使用时应最好分开用，避免出现不必要的麻烦。
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