水产业的不断发展伴随着大量的养殖废水排放，使得水体污染严重，带来一系列的环保问题。养殖污染已成为继工业污染、生活污染之后的第三大污染源，成为我国水源污染的主要原因之一。这些养殖场产生的污染如得不到及时的处理，必将产生对环境的极大危害，造成生态环境恶化、水产品品质下降并危及人体健康。
在走访一些养殖场时发现，当因为各种原因导致换水量减少，水体环境会急剧恶化，投饵和对虾的排泄物使池塘的残饵、粪便等有害的物质留在养殖池内，藻相不稳定，氨氮和亚硝酸盐含量升高，水面充满了泡沫，吃料慢等问题。水中过高的氨氮对虾体内酶的催化作用和细胞膜的稳定性产生很大影响，并破坏排泄系统和渗透平衡，导致虾极度活跃或抽搐，失去平衡，没有活力等。高浓度的亚硝酸盐会使鱼虾血液中的亚铁血红(蓝)蛋白被氧化成高铁血红(蓝)蛋白，而后者不能载氧，抑制了血液的载氧能力，造成缺氧，鱼虾摄食能力低甚至死亡。
而现在的养殖模式，依然是上世纪七十年代的养殖模式(进水+养殖池塘+排水)，随着养殖规模的不断扩大，养殖的数量也在不断增加，导致大量的投料和养殖动物的排泄物在水体中长时间积累，不仅污染了养殖池内的水，随着排放也严重影响附近水域的营养化程度。未经处理的养殖废水含有大量有机污染物质、悬浮物以及氮、磷等营养物，直接排入附近水域不仅可能导致水体富营养化，还会使对有机污染物质敏感的水生生物逐渐死亡;严重时水体会发黑发臭，造成持久性有机污染。
不过相比于其他污染来说，养殖废水是可以回收利用的，也应运而生出现了一些养殖废水污染的处理技术。国外工厂化水产养殖大多采用生物转盘、生物接触池、生物滤池、机械过滤装置等来取出养殖废水中的污染物。随着不断发展，养殖污水处理技术也在不断的改进和完善。目前养殖池塘环境生态修复技术主要分为两类：
1、原位修复技术，也称立体修复，主要是在水体上层种植植物，在水体下层投放贝类等水生动物，促进池塘营养物质的多级利用等，一般应用于共生养殖模式的土塘;
2、异位修复技术，又称平面修复，主要是把养殖废水排出池塘，首先通过物理过滤设备，对水中的粪便、残饵等杂质进行过滤，然后经过微生物菌剂净水处理，对溶于水中的氨氮、亚硝酸盐等有害物质进行生物分解，最后将水排入河流实现零污染，或者经过杀菌后重新泵入养殖池实现零排放，实现养殖水体的循环再利用。
零污染排放和零排放的循环水养殖模式，从源头上进行控制，对环境的修复能起到很好的效果。但是实际的生产中必须考虑成本，实验室用于处理养殖废水，只考虑处理效果，生产上则需要考虑养殖废水处理的使用成本，对养殖废水的无害化处理，无法避免产生额外的经济成本和占用土地资源。污水处理设备又有投资大，能耗高，运转费用高，需专门技术人员管理等缺点，所以不仅要考虑某种处理方法在技术上的优势，还要考虑该方法的投资、日常运行费用和操作是否方便等问题。
2017年5月31号，国务院发布《国务院办公厅关于加快推进畜禽养殖废弃物资源化利用的意见》，除了自建和联合建立污水处理设备，还可以引入第三方治理，建立排污者付费、专业化公司治理、政府引导推动的治理污染。鉴于今年环保在国内各行业得到的关注与调控，相信水产养殖上的污染防治法规很快就会出台了。
在环保政策下，养殖模式会如何发展，以形成生产发展与环境承载力相适应的生态养殖业经济?这需要更多的探索来把实验室和养殖场结合起来。
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