难以全面、彻底清池 在繁殖沙蚕的过程中，为让沙蚕卵或幼体顺利、充分地随水进入虾池，在纳水时，多数养虾单位都采取了不挂进水滤网的办法。所以，伴随沙蚕卵及幼体，一些敌害生物的亲体和幼体也一并涌放池中。在放苗前清池时，为尽量保护已潜入池底的沙蚕幼体，大多又采取排水后局部清池的办法。因此，很难彻底杀灭敌害鱼类和其他有害生物。
沙蚕附着密度无法控制 不论是收集亲体令其在池中繁殖，还是靠进水采集卵和幼体，沙蚕的附着密度都是难以人为控制的。如均是靠进水采集卵和幼体的两邻池之间，也会因进水时间的先后或长短以及水质、池底条件的不同，沙蚕的附着密度可能会存在较大的差异。实践证明，附着密度低的，每平方米仅有几尾至几十尾;而高者竟达万余尾。
给虾池肥水带来困难 由于虾池中过早地出现了大量新“移民”，从而在一定程度上改变了它的生态体系。虾苗投放前，向池中施肥繁殖基础饵料生物，本是为虾苗提供早期食物，这些食物也会被沙蚕幼体所掠夺。尤其在高密度附着沙蚕的虾池中，沙蚕形成了优势群体，以致池内的基础饵料生物很难得以迅速地繁殖，从而抑制了虾苗的正常发育。所以，前期适当加大人工投饵量，是缓解沙蚕幼体与虾苗夺食矛盾的有效办法。
前期“反食”问题 在虾池中培养沙蚕，本是为对虾养成的中后期准备可口的、营养丰富的鲜活饵料。但若在在具备暂养条件的虾场，投放虾苗较晚，当沙蚕幼体长至4～5厘米，再往池中投放0.8～1.0厘米的小规格虾苗，将会出现沙蚕捕食虾苗的现象。在大密度附着沙蚕的池中，一般基础饵料生物较为贪乏，当投饵量不足时，“反食”现象尤为严重。除此之外，这类池子在养殖中、后期，沙蚕还会与对虾争夺池水中的溶解氧，特别是在高温季节，更易出现对虾“浮头”，这一点也是不容忽视的。综上所述，在应用“生态系养虾”这一新技术时，应该首先清楚地认识到它的利与弊是共存的。这就要求试图采用该技术养虾的生产单位，应注意立足实际，扬其长，避其短，并在生态实践中不断探索规律和总结经验，使之得以逐渐发展和完善。只有这样，才能真正发挥出它应有的效力，达到增产、增收的目的。
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